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xngg1021/academic-skills

v2.0.0LicenseRef-Source-Lineage-1.0

Harness-neutral academic research, statistical recompute, and multi-model deliberation skills.

GitHubOpen Website

变更日志与版本发布清单 (CHANGELOG & Release Manifest)

本文件记录 academic-research-kernel 仓库各版本的接口变更与迁移规范，列明输入输出形态变化以及发布身份清单。

2026-09-20（PR #12 / Research Artifact Ingestion Bridge v1，分支 work/research-artifact-ingestion-bridge-v1）

唯一闭环修复（最终评审第 1 轮后）

  • 首个候选 304f016d008f 的完整 CI（35516780578）通过；累计评审新增 1 P1 + 2 P2，均复现并在本批次修复：撤稿观察冲突、非字符串监控 ID、重复 CEG 快照记录。
  • 同类路径一并补齐：kernel 不确定项重复拒绝、所有注册键类型、冻结 JSON 的缺省 ID 哈希；54 项新回归验证合法数值元数据、追加与保留历史例外。
  • 闭环候选本地 873 passed、零跳过；仅允许一次闭环 CI 与第 2 轮最终评审。具体 SHA、远端结果与合并状态仍由收尾证据账本记录。

最终集中收尾候选

  • 修复最新 6 P1 + 2 P2：所有语义变异绑定规范内容摘要，可信谱系内容权限带外传递，生产/验证字节策略一致，空 Ledger 与错误 MCP 输入可稳定重放/预检。
  • 同类审计补齐生产者诊断字段、严格不确定项碰撞、历史学术凭证兼容 schema 与 dry-run 预检；完整回归保留。无绑定的合并前实验缓存须重新入库，不能静默升级为可信。
  • 英文及简体中文 README 同步，其他译文仍如实标记 stale/queued。40 个独立代码围栏与本地 873 项测试构成发布前门禁；最终 SHA、CI、累计评审及合并结果见收尾证据。
  • 构建期保持 Draft，完整 CI 在 full-ci 标签下运行；同一候选转 Ready 仅触发最终评审，避免重复矩阵。PR #13 分发范围及 LICENSE/SLL 历史不变。

统一科研产物入库桥接与确定性内核公开界面 (Research Artifact Ingestion Bridge v1 / 协议：ingestion-receipt-1.0)

按战略路线图全面打通 13 项技能产物沉淀至确定性科研状态内核的入口，消解界面债务（Surface Debt）：

  • 共享证据契约 (scripts/shared_contracts/evidence.py)：
    • 抽取并统一维护 ReceiptRef、canonical_json_bytes、学术证据物理载荷 SHA-256 校验以及谱系收据契约验证；
    • 消除 CEG 与 Decision Ledger 之间的内部重复代码，全仓实现 100% 逐字节序列化与哈希恒等；
  • 产物信封与入库凭证模式 (schemas/)：
    • research-artifact-envelope.schema.json（协议 artifact-envelope-1.0）：强制内容寻址派生 artifact_id（art- + 32 位 hex），将内容身份与环境元数据严格隔离；
    • artifact-ingestion-receipt.schema.json（协议 ingestion-receipt-1.0）：强制确定性生成 receipt_id（ingest- + 32 位 hex），记录命中的适配器、输入校验状态、生成的对象标识与输出状态摘要；
  • 确定性适配器注册表与入库引擎 (scripts/ingestion/)：
    • 机器可读注册表 (docs/artifact-adapter-matrix.json) 覆盖全仓 13 项技能的 3 档适配器：
      • Tier 1（原生凭证）：academic-source-verification、research-object-identity、claim-evidence-graph、decision-ledger；
      • Tier 2（结构化分析）：quantitative-paper-audit、research-reproducibility、cross-review-five、systematic-review-meta-analysis、literature-analysis、literature-watch、retraction-watch、math-computation；
      • Tier 3（非结构化存证）：academic-writing 严格遵循“非结构化保持不透明（Opaque stays opaque）、绝不替研究者代做决策”的安全红线；
    • 事务性与幂等性：基于 IngestionKernelState.clone() 机制实现全批次原子提交与回滚（atomic=True），重复入库幂等命中；
  • 通用 MCP 服务能力升级 (scripts/mcp_server.py)：
    • 由原有的 3 个外围统计与硬件探测工具，全面扩展为 12 个确定性无状态科研内核工具（新增 research_artifact_validate、research_artifact_ingest、research_receipt_verify、research_object_resolve、research_lineage_trace、claim_evidence_validate、claim_evidence_trace、decision_ledger_validate、decision_trace）；
  • 端到端完整生命周期与对抗性用例：
    • 新增 tests/test_evidence_contract.py、tests/test_artifact_envelope.py、tests/test_ingestion_bridge.py、tests/test_ingestion_adversarial.py、tests/test_mcp_surface.py 与 tests/test_research_lifecycle_e2e.py；
    • 新增 tests/test_ingestion_hardening.py，覆盖深不可变、运行时 schema、真实生产者契约、原子回滚、语义幂等、完整状态回放、防篡改摘要、三态证据语义与真实 stdio MCP 握手；
    • 单测基线由 632 项扩充至 873 passed, zero skipped（40 independent executable smoke fences PASS）。

PR #12 合并前完整性加固与历史对账

  • [P1] 运行时契约与防篡改：21 个结构化 payload schema 进入 Draft 2020-12 运行时门禁；信封、CEG、谱系收据与内核快照均重算声明摘要，非法枚举、未知字段、版本漂移、超限载荷与篡改状态 fail closed。
  • [P1] 事务、幂等与状态本真：缓存键绑定全部变异上下文并限定于目标状态；原子批次只在最终提交后发布缓存；CEG、Ledger、收据注册表、不确定性与入库记录完整克隆/回放，冲突对象和悬空边拒绝写入。
  • [P1] 真实生产者契约闭环：修正 reproduction status、ResearchObject 标准字段、cross-review 2.x registry、lineage edge type、直接 CanonicalWork、meta-analysis-only、screening-only 与 citation-only payload；定量审计覆盖真实返回字段，缺失或 null 的数学/定量核验结果进入 unverifiable，不再伪装为支持或反驳。
  • [P1] MCP 公共面闭环：严格工具入参 schema、统一 isError、完整 kernel state 输入输出、实际 lineage/ledger API、物理收据复核，并以真实 stdio 子进程覆盖 initialize/list/call。
  • [P1] 深不可变：信封、入库收据、LineageReceipt、CEG 与 Ledger 的全部嵌套 JSON 数据递归冻结；对 to_dict() 结果和底层映射的外部变异均不影响域对象。
  • [P2] 审计上下文：caller metadata 完整传递但不污染内容寻址 receipt ID；对象、物理收据、不确定性、已入库产物与总内核内容均有独立摘要。
  • [P1] 二次复审闭环：继续修复 7 个新发现的边界条件：CEG ID 绑定目标 work、MCP 快照校验接收物理收据、筛选/纳入研究对象隔离、caller metadata 不触发重复变异、回执引用真实 correction ID、missing_input 谱系收据可验证、时间戳变体不冲突。
  • [P1/P2] 三次复审闭环：修复后续 6 个 P1 与 1 个 P2：稳定 work 身份与检索元数据解耦、CEG claim/evidence 分层绑定 locator 与物理回执、筛选记录优先 record_id、撤稿 retained-prior 状态进入不确定性、预检重算 lineage 身份、MCP lineage 活动强制显式时间戳、Ledger 快照仅按声明 manifest 重放。
  • [P1/P2] 四次复审闭环：修复后续 5 个 P1 与 3 个 P2：lineage locator 与撤稿 target 进入身份、CEG 校验错误保持验证契约、claim trace 返回支持/反驳锚点、截断撤稿进入覆盖不确定性、筛选决策闭集、增量与快照不确定性同步、适配器内容 ID 统一为 128-bit；同时将同类约束扩展到相邻适配器并复用已有丰富 work 对象。
  • [P1] 五次复审闭环：修复后续 5 个 P1：派生不确定性随因果状态同步清退、系统综述抽取与筛选决策按 review artifact 命名空间隔离、成功的 receipt verify 不再误标 MCP isError、适配器 bindings 先归一化并拒绝未知字段、同一命题的支持与反驳证据汇聚至同一语义 claim 节点。
  • [P1/P2] 六次复审闭环：修复后续 8 个 P1 与 1 个 P2：缓存命中绑定完整入库上下文、信封 lineage_ref 被持久化并核验、物理回执递归冻结、CEG 快照按声明的回执可用性重放、仅清退内核拥有的不确定性、筛选决策按评审实例隔离、空白 claim fail closed、wrapped canonical work 复用完整 schema、确认撤稿在结果截断时同时保留告警与覆盖不确定性。
  • [P1/P2] 七次复审闭环：修复后续 5 个 P1 与 3 个 P2：CEG 快照按每个引用精确投影回执缺失状态、预检与实际入库统一核验 lineage_ref、retained-prior 的既有撤稿告警不再丢失、手稿对象按信封上下文隔离、计算证据保留并绑定有效 locator、一次显式 binding 只追加一次 correction、多 work 产物拒绝冲突身份、MCP lineage 的畸形实体与边归入参数错误。
  • [P1/P2] 八次复审闭环：修复后续 4 个 P1 与 4 个 P2：计划内 ResearchObject 身份冲突统一 fail closed、cross-review 证据按完整入库上下文隔离并保留 locator、lineage 实体/活动类型在 MCP dispatch 前按闭集拒绝、无标题评审意见使用规范 JSON 原因、残缺 lineage receipt 返回普通 invalid、falsy 物理回执不再伪装成缺失、canonical work 可确定性升级临时占位对象、opaque fallback 对象按完整信封上下文隔离。
  • [P1/P2] 九次复审闭环：修复后续 2 个 P1 与 2 个 P2：异议意见的非字符串原因统一为规范 JSON、预检将适配器计划碰撞返回为普通 invalid、手稿对象始终绑定完整生产者上下文、DOI-only 撤稿目标统一到规范 work 身份。
  • [P1/P2] 十次复审闭环：修复后续 4 个 P1 与 1 个 P2：跨产物对象碰撞使用规范 JSON 字节比较、缓存收据强制核验其记录的对象/CEG/Ledger 变异仍被保留、Ledger 验证清单统一 lineage 时间戳等价、学术证据优先解析 DOI/arXiv/PMID/OpenAlex 稳定身份、学术凭证仅接受完整 canonical evidence-claim digest。
  • [P1] 十一次复审闭环：修复后续 4 个 P1：兼容并原样保留旧版含时间戳 Ledger 清单身份、缓存收据覆盖 Ledger 快照中的决策/分支/状态事件/依据/修正、各学术适配器共用 DOI 解析器、谱系收据独立重放拓扑/闭包/根节点/步骤与验证状态。
  • [P1] 十二次复审闭环：修复后续 6 个 P1：所有拓扑状态返回前先验证目标闭包、物理内容状态必须可独立重放、缓存决策引用绑定完整记录摘要、旧版 Ledger 清单接受时间戳等价发射、DOI 保留不透明后缀标点，并将谱系活动输入/输出预索引以消除大图二次复杂度。
  • [P1/P2] 十三次复审闭环：修复后续 4 个 P1 与 3 个 P2：谱系内容验证只读取显式授权根目录内的限额字节或调用方提供的内容、相对 locator 保留可信根锚、生产者与验证器统一故障优先级、缓存 CEG 边与全部 Ledger 记录绑定完整摘要、MCP 重复生成器返回结构化无效图、物理谱系节点执行独立闭集字段校验。
  • 历史台账：新增 docs/project-lineage-audit-20260920.md 与机器可读 JSON，逐项核对 PR #1–#12 的精确 head/CI、累计观察到的 109 个 PR #12 评审线程以及仍开放的 P2/P3 运营和治理边界。

2026-09-19（PR #11 / Research Decision Log v1，分支 work/decision-ledger-v1）

研究决策与失败记录 (Research Decision Log v1 / 协议：decision-ledger-1.0)

按 docs/post-pr9-roadmap-reevaluation.md 的立项裁定，填补十四核心能力中的状态变更历史 (Primitive 3)：

  • 核心数据契约 (schemas/decision-ledger-receipt.schema.json)：
    • JSON Schema draft 2020-12、additionalProperties: false、协议常量 decision-ledger-1.0；
    • 核心记录模型：decisions（区分 entry_kind 与 decision_action，严禁将失败结果与决策行为混维，Schema 严格校验 entry_kind 与 decision_action 的条件映射）、bases（decision / negative_result 依据边，彻底移除 claim 别名）、forks（considered/explored/deferred/rejected 分支边，含 receipt_ref）、state_events（追加式状态转移事件，sequence >= 1，驱动生命周期状态）、corrections（128 位内容 ID 与单调 sequence >= 1 结果修正）、uncertainties（离散枚举）；导出包含 verification_manifest 与 verification_digest，内容身份与本地验证态严格解耦；字段长度与正则模式（title 512、locator 2048、rationale 4096、context_work_id ID 规范）在 Schema 与 Python 间实现 100% 严格一致；
    • receiptRef 复用 CEG 的 oneOf 双契约（lineage / academic_evidence），与 schemas/claim-evidence-graph.schema.json 逐字段一致。
  • 确定性内核 (skills/decision-ledger/scripts/ledger.py)：
    • 自然科研 API：正式暴露 RouteStatus、record_route_status()、trace_stop_reason()、add_negative_result() 等科研语义接口，兼容保留内部别名；RouteStatus.to_dict() 仅输出标准科研状态字段，不泄露内部算法名；
    • 状态变更历史纯追加：所有记录为 frozen dataclass + FrozenDict（MappingProxyType 背板真不可变）；当前状态（active/pruned/reopened）由追加式 DecisionStateEvent 重放派生，严格状态迁移闭集自动机校验，current_state() 正确暴露 reopened 状态；
    • 结果修正时序严格保护：OutcomeCorrection 引入单调 sequence 参与 ID 派生，sequence 严格要求 >= 1，幂等仅对当前最新事件生效，历史中再次发生的相同结果正确记录为新事件；
    • 失败尝试存证纪律：negative_result 必须携带依据边（E404），必须有决策类正证据基础（E405），依据类型与目标决策类型强校验（E103），自指或负结果互指判错（E406），负结果依据闭包成环硬失败（E407）；
    • 路线终止原因与可追溯性：封闭词表终止原因 + closed_by 主导决策 + alternative_ref 备选路径；派生当前图终止链严格无环（E304，路径索引法只报真环成员）；trace_stop_reason 递归返回完整因果链；
    • 单遍图分析与全链路索引：单遍 Tarjan's SCC 算法提取强连通分量与环可达集；建立按决策索引的 _bases_by_decision、_bases_by_target、_state_events_by_decision、_corrections_by_decision 与 _academic_hash_index，_resolve_receipt 直接基于索引实现真正的严格 O(1) 检索；to_dict() 单次流计算哈希与清单；
    • 严格回放加载器 from_dict：四门严密防篡改（Gate 1 原始摘要核验、Gate 2 派生一致性断言、Gate 3 全量不确定性队列（含 missing_receipt）100% 验证、Gate 4 图结构强校验 validate_ledger() fail-closed）；严格拒绝额外顶层字段；
    • 构造期严厉失败关闭：_validate_json_metadata_value 拦截非有限浮点（NaN/Inf）、非字符串键、非法对象与循环引用；收据冲突采用规范 JSON 字节流比对。
  • 全球学术标准基线 (docs/standards/) 与自然术语清单 (docs/terminology/)：
    • 确立 ISO 690:2021、ISO 704:2022、ISO 860:2007、ISO 5127:2017 与 W3C PROV 为全球基线，解耦语言与司法管辖区规范；标准注册表逐项完善 authority_url、verified_at、evidence_status 与 supersedes 证据链；
    • 建立机器可读标准清单 docs/standards/registry.json 与涵盖 18 组概念、覆盖全部 21 个目标语种自然学术表达的 docs/terminology/registry.json 及完整说明指南 docs/terminology/README.md；
    • 建立 AIDetox 公开文档写作契约 docs/style/aidetox-contract.json 与涵盖 21 个语种独立规则库的 docs/style/profiles/；
    • 落地 21 语种 README 核心能力与结构对齐（全 11 节结构、SLL/MIT 许可边界、13 技能、MCP/Hermes、数据源、longtail 与 scfabric 全覆盖），全语种顶栏导航互联；
    • 全仓 53 篇规范 Markdown 文档密码学级增量同步清册 docs/i18n/manifest.json（53 篇源文档 × 21 语种 = 1,113 理论实例；53 canonical_current、22 localized_current、1,038 queued_for_generation），内置代码块感知的章节哈希提取与陈旧度检测，杜绝重跑脚本静默洗白；
    • scripts/qa.py 静态门禁强制固化 21 语种 Profile、18×21 术语矩阵、53 篇清单源文件与本地文件双层哈希、以及 README.zh-CN.md / README.zh-TW.md 中文别名逐字节恒等不变量。
  • 技能文档 (skills/decision-ledger/SKILL.md)：以自然科研语言重写，frontmatter 齐全、Verification 段提供可执行离线冒烟 fence。
  • 测试 (tests/test_decision_ledger.py)：100 项对抗性回归，单测基线升至 632 passed。

验证：pytest 632 项全部通过（0 failures, 0 warnings）；scripts/qa.py 静态门禁全部 PASS（40 independent executable fences）。

交叉评审加固（五模型盲审第一轮 + 主线程复核，同 PR 内实施）

五模型 Sparse Deliberation 盲审（kimi-k3/dsv4pro/glm53/gemini38flash/gemini31pro）提出若干发现，主线程逐项实测复核后裁决并修复（假阳性驳回，真缺陷全部修复并补对抗回归）：

  • [P0] 负结果循环证据伪造封死：negative_result 自指（引自身为 claim）与互指（两个负结果互相引为 claim）原本可绕过 E405；新增 E406 自指判错，E405 改为要求依据引用其他非负结果决策；混合支撑（伪 claim + 负结果边）同样无法通过。
  • [P1] 结果修正时序语义：outcome_of 原按内容寻址 ID 字典序取"最新"，哈希随机分布导致时序失真；为 OutcomeCorrection 引入台账分配的 sequence 单调序号（幂等重放保持不变），latest_verdict 反映真实追加历史；schema 同步 sequence 必填字段；摘要不变量明确唯一例外：不同修正的到达顺序属于追加历史，合法影响 ledger_digest。
  • [P1] 摘要对对象收据崩溃：register_receipt 接受带 to_dict() 的对象但 ledger_digest 直接 JSON 序列化会 TypeError；新增 _jsonable 确定性降级（Mapping/list/JSON 原语直通、to_dict 递归解包、其余 repr），对象收据与等价 dict 给出相同摘要。
  • [P2] 内容 ID 碰撞防御：16 位截断（64 位熵）的内容 ID 在命中已注册键时校验完整负载指纹，不同负载碰撞直接抛错，同负载保持幂等。
  • [P2] E304 环报错归一：同一剪枝环不再按起点重复报多条，收敛为单条并列环成员。
  • [P2] fork 边收据位补齐：DecisionForkEdge 增加 receipt_ref（分支探索也可挂实验证据），validate_ledger 与不确定性队列同步校验 fork 收据解析。
  • [P2] 导出补全：to_dict() 补齐 uncertainties 字段序列化，与 schema 的可选属性对齐。
  • 误报驳回：zh-TW "十二個"残留指控实测为 literature-analysis 的工作流数表述，非技能计数；任务书"8 个 README 计数"表述经复核仅在 en/zh-CN 硬编码数字，其余语言为泛化表述，无遗漏。
  • 新增 10 项对抗回归（test_decision_ledger.py 45→55 项），全仓 571→581。

验证（加固后）：pytest 581 项全部通过；scripts/qa.py 40 fences PASS。

交叉评审加固第二轮（dsv4pro 深度盲审 + 主线程复核，同 PR 内实施）

  • [P1] FrozenDict 哈希缓存失配封死：惰性缓存的 _hash 在越权 slot 写入后不失效，同一对象哈希与内容失配；取消缓存、哈希每次按当前内容现算（条目规模小，开销可忽略），越权写入后哈希立即跟随内容，陈旧哈希无处发生；补 __eq__/__ne__ 规范 Mapping 语义（递归 thaw 比较）。
  • [P1] 不确定性 item_id 派生与 CEG 对齐：台账原哈希 {kind, subject_id, reason} 三字段，CEG 哈希 {kind, needs_human, reason, subject_id} 四字段，同一逻辑项跨内核 ID 不同，PR #12 队列合并将错配；改为与 CEG 逐字节一致的派生公式，并对去重引入负载指纹碰撞防御（不同负载碰撞直接抛错，同内容幂等合并）。
  • [P2] 不变量 6 措辞精确化：原文"至少一条依据边引用 Claim 节点"的"Claim 节点"易被误读为外部证据实体；改为"claim-kind 依据边指向另一个非负结果决策"，并说明证据链经目标自身依据传递、无据根经不确定性队列浮出。
  • [P2] 注册表 docstring 精确化：register_receipt 注册键只是登记标签，"lineage 按 receipt_id / academic 按 payload_sha256 键优先 + 全表扫描"的解析约定在 _resolve_receipt，以注释显式声明，消除"注册键即解析键"的误读。
  • [P2] CHANGELOG 测试计数归因修正：526→571 的增量实为 test_decision_ledger 39 项 + test_authoring 参数化随第 13 技能增长 6 项（73→79），归因更正。
  • dsv4pro 其余发现（E405 标签洗白、截断碰撞、对象收据崩溃、无时序、fork 收据位、E304 归一、导出缺队列）已在第一轮修复或与第一轮收敛。
  • 新增 4 项对抗回归（55→59 项专项），全仓 581 项保持全绿。

验证（第二轮加固后）：pytest 581 项全部通过；scripts/qa.py 40 fences PASS。

交叉评审合议收口（质询对账 + 未决账本清偿，同 PR 内实施）

五模型盲审（3/5 产出：dsv4pro、gemini38flash、gemini31pro；kimi-k3 连接错误、glm53 配额中断）后完成 Sparse Deliberation 质询与合议：dsv4pro 质询答复 4 项全部 CONCEDE 并独立证实 sequence 修复；未决账本 5 项中 4 项（自指/互指绕过、时序、对象收据崩溃、导出缺队列）已由前两轮加固清偿，剩余 1 项（gemini31pro 的 E102 语义断言）处理如下：

  • [P2→落实] 依据透明规则（basis-transparency）：claim 证据链必须终接在带收据锚点的终端——链条经目标决策自身的 claim 依据传递，自指边永不作数；无收据锚定的终端与永不落地的互指环以新枚举 unevidenced_claim_basis 浮出不确定性队列（needs_human=true），结构校验保持确定性不受阻断。E102 的保留决策与语义理由随之完整：basis_id 必须是已注册决策（保证引用可追溯），而"证据真实性"由锚定规则与队列承担，两层职责不再含混。
  • schema 不确定性枚举同步扩至六值；新增 5 项对抗回归（59→64 项专项，覆盖无锚终端、锚定链、自指锚点、互指环、孤立决策零噪音），全仓 581→590。

外部评审集中加固（第三方 P1 簇全清，同 PR 内实施）

外部评审针对合并前 HEAD 提出 6 簇 P1 与 9 项 P2，主线程逐项实测复核后全部属实并实施修复（pytest 590→608 项全绿，qa.py 40 fences PASS）：

  • [P1-01] State Ledger 本真化：PruneState 单快照改为追加式 DecisionStateEvent（from_state/to_state/reason/caused_by/alternative_ref/receipt_ref/sequence），生命周期状态由事件重放派生；current_state/state_history 全部就绪；合法迁移闭集（genesis→active|pruned、active→pruned、pruned→reopened、reopened→pruned）强校验，重复同负载调用幂等 no-op，event_id 绑定 内容+序号 保证历史中两次相同迁移互不吞并；PruneState 降为派生视图，set_prune 保留兼容包装。
  • [P1-02] FrozenDict 真不可变：背板从裸 dict 改 MappingProxyType，构造后无任何可达的变异路径（slot 写入直接 TypeError）；哈希每次现算。
  • [P1-03] forkEdge schema ABI 对齐：receipt_ref 补入 $defs.forkEdge，schema 增加 uncertainties 必填、stateEvent 完整定义（含 if/then 跨字段约束：pruned 必填封闭词表 reason、active 禁带因果字段）、correction_id 升 ^corr-[0-9a-f]{32}$、sequence 下限 1、lineage receipt_id minLength 1。
  • [P1-04] basis_kind↔目标类型强校验：新增 E103（negative_result 依据必须指向负结果决策、claim 依据不得指向负结果决策），类型化依据边不再是自报标签。
  • [P1-05] 内容身份与验证态解耦：ledger_digest 不再包含本地收据注册表（注册标签不再污染摘要，同一台账不同标签恒等）；新增 verification_digest 独立承载验证态；导出与 schema 同步。
  • [P1-06] _jsonable 严格失败关闭：删除 repr() 回退（跨进程非确定且在外来对象上是任意代码路径），仅允许 JSON 原语/Mapping/序列/to_dict 对象，其余 TypeError；环形容器拒绝；register_receipt 注册即 fail-fast。
  • [P2] 其余落实：修正碰撞防御死代码（重排为先比对全负载再幂等返回）+ 修正 ID 升 128 位；E407 负结果证据闭包成环硬失败（确定性结构事实不再仅浮出队列）；E304 尾巴节点修正（路径索引法，只报真环成员）+ reopen 破环后派生当前图环消失；trace_prune_cause 递归返回完整剪枝链；新增严格回放加载器 from_dict（契约校验→构造器重放→迁移链复核→摘要重算比对，篡改导出 fail closed）；README/PR 验证基线统一至 608。
  • 暂缓项：CEG/Ledger 契约共享模块抽取（scripts/contracts/evidence.py）归入 PR #12 桥接统一处理，本 PR 以跨内核字节兼容回归测试钉住两侧契约；P3 性能项（SCC 统一、索引、digest 增量缓存）登记待办，不改变语义。

验证（本轮加固后）：pytest 608 项全部通过（0 failures, 0 warnings）；scripts/qa.py 40 fences PASS。

合并前全面收口加固（零债务发布，同 PR 内完整实施）

针对合并前终审提出的各项架构完整性、事件历史时序、回放闭环、命名解耦与性能要求，主线程实施彻底加固，完全消解全部 P1/P2/P3，不向后续 PR 遗留任何技术债务：

  • [P1] 修正 outcome correction 历史吞噬 bug：OutcomeCorrection 引入单调 sequence 参与 content-addressed ID 派生；严格比对当前最新事件，仅在与当前最新完全相同时才执行幂等 no-op，历史中再次发生的相同结果（如 negative→positive→negative）正确记录为新事件并影响最新 verdict。
  • [P1] from_dict() 补齐 Gate 4 结构校验：回放结束时无条件执行 validate_ledger()，对带环、悬空边或非法证据闭包的自洽伪造导出执行 fail-closed。
  • [P1] from_dict() 双门防篡改与全量不确定性校验：Gate 1 原始摘要核验、Gate 2 派生字段一致性断言、Gate 3 全量不确定性队列（基于 manifest 虚拟集合，不跳过 missing_receipt）100% 严格比对。
  • [P2] 明确 reopened 状态语义与属性：current_state() 准确返回 reopened，PruneState 增加 is_active、is_reopened、is_pruned 属性，VALID_PRUNE_STATUSES 与 VALID_DECISION_STATES 完全对齐。
  • [P2] set_prune(active) 拒绝静默吞输入：对已处于 active/reopened 的决策，若传入不同 metadata/receipt_ref 直接抛 ValueError 拒绝冲突，杜绝非幂等输入静默丢失。
  • [P2] 消除与 CEG Claim 的命名冲突：basis_kind 主名称统一为 "decision"（支持 "decision" 与 "negative_result"），原有 "claim" 自动规范化为 "decision"。
  • [P2] 补全包级公开导出：skills/decision-ledger/scripts/__init__.py 正式导出 DecisionStateEvent 与 canonical_state_event_tuple。
  • [P2] 运行时与 Schema 边界统一：DecisionNode、OutcomeCorrection 等公开 dataclass 强制校验 title (<=512)、rationale (<=4096)、locator (<=2048)、sequence (>=0) 等字段范围。
  • [P2] from_dict() 拒绝未知顶层字段：严格拒绝不在 ALLOWED_TOP_LEVEL_KEYS 中的额外键，契约对齐 additionalProperties: false。
  • [P2] register_receipt() 规范化字节比较：收据冲突判断采用 canonical JSON bytes 对比，彻底避免 Python 1 == 1.0 等宽松判等误判。
  • [P3] 用户面命名与去黑话：用户面统一命名为 Research Decision Log（研究决策与失败记录）（内部协议保持 decision-ledger-1.0）；彻底剥除“Truth Authority”“剪枝因果”“三态不确定性队列”“basis-transparency”等过度工程化用词。
  • [P3] 全链路性能索引与摘要去重：建立按决策索引的 _bases_by_decision、_state_events_by_decision、_corrections_by_decision，建立学术收据哈希索引 _academic_hash_index 实现 O(1) 检索；to_dict() 仅单次计算 digest 与 manifest，杜绝多重重复哈希。
  • [P3] 测试基线提升：单测由 615 项升至 625 项（93 项专属于 decision-ledger 严苛回归测试），全仓绿灯通过。

验证（最终收口后）：pytest 625 项全部通过（0 failures, 0 warnings）；scripts/qa.py 40 fences PASS。

2026-09-18（PR #10 / CI & Locator Determinism Maintenance，HEAD / chore/ci-node24-and-locator-determinism）

基础设施维护、定位符确定性加固与 PR #11 立项裁定

  • GitHub Actions 全量迁移 Node 24 generation：
    • 升级 actions/checkout 至 v7.0.1 不可变 SHA（3d3c42e5aac5ba805825da76410c181273ba90b1）；
    • 升级 actions/setup-python 至 v7.0.0 不可变 SHA（5fda3b95a4ea91299a34e894583c3862153e4b97）；
    • 覆盖 checks、upstream-canary、tap-lifecycle 全部 8 处 action 引用，彻底消解 Node 20 弃用告警与即时生效的时间性阻断风险。
  • Ubuntu 26.04 Canary 预迁移验证：
    • 增设 ubuntu-26.04 (x86_64) 与 ubuntu-26.04-arm (arm64) canary 节点，提前验证下一代系统的依赖与环境兼容性，全矩阵首轮一次性全绿。
  • 谱系相对定位符绝对确定性加固 (P1/P2)：
    • skills/research-object-identity/scripts/provenance.py 严格规范：relative local locator + root_dir=None 绝不回退至进程当前工作目录（CWD）；
    • validate_lineage() 将未指定 root_dir 的相对定位符显式标为 unverified 并附带 Relative local locator requires explicit root_dir for on-disk verification，确保跨不同 CWD 执行时验证元组与回执摘要 100% 恒定。
  • PR #11 战略立项治理审计：
    • 新增 docs/post-pr9-roadmap-reevaluation.md，执行 235 项痛点矩阵重算核验，正式核准 PR #11 方向为 Decision & Negative Result Ledger v1（填补十四原语中的状态台账 Primitive 3），并规划 PR #12 为 Research Artifact Ingestion Bridge v1。
  • 验证矩阵更新：
    • 全仓单测规模扩充至 526 项全绿（0 failures, 0 warnings）；
    • 静态 QA 可执行代码块 39 项全部 PASS。

2026-09-18（PR #9 / Claim-Evidence Graph v1，commit ab7d1fe）

科学论断-证据图内核 (Claim-Evidence Graph v1)

  • 核心数据契约 (schemas/claim-evidence-graph.schema.json)：
    • JSON Schema 2020-12 严格规范，全量开启 additionalProperties: false；
    • 规范定义 Claim、EvidenceAnchor、EvidenceSupportEdge、ClaimRelationEdge、UncertaintyItem 与 ReceiptRef；
    • 强类型 ReceiptRef 正式解耦并无歧义绑定 LineageReceipt（通过 receipt_id/receipt_digest）与 AcademicEvidenceReceipt（通过 claim_digest/payload_sha256）。
  • 确定性图内核 (skills/claim-evidence-graph)：
    • 确立生产谱系（DAG）与学术命题关系（允许自然成环，如双向互斥反驳）的分立纪律；
    • 严禁任何形式的真理裁判所与主观置信度打分（如 0.85），裁决一律离散化，争议显式进入不确定性账本（UncertaintyQueue）；
    • claim_digest 严格绑定规范化命题文本（仅做 NFC 与空白压缩，绝不重写语义）、定位符与所属论文；
    • 纯 Python 离线实现矛盾发现器（find_contradictions）与全链执行谱系回溯穿透（trace_claim_provenance）；
    • 采用 FrozenDict 深度冻结机制，严格封死对象属性嵌套变异导致的 edge 幂等键失步。
  • 验证矩阵：
    • 全仓单测规模扩充至 524 项全绿（0 failures, 0 warnings）；
    • 静态 QA 可执行代码块扩充至 39 项全部 PASS。

2026-09-18（chore/repo-identity-closeout-and-roadmap）

仓库身份闭环与路线图解冻重估 (Identity Closeout & Roadmap Re-evaluation)

  • 现行 CI 彻底脱离旧重定向：.github/workflows/qa.yml tap 集成全面切至 xngg1021/academic-research-kernel。
  • 全多语言文档定位与基线对齐：8 份 README 头部全面对齐中立定位，测试基线统一切至 495 项通过；明确便携包与 MCP 别名长期向后兼容。
  • 仓库身份连续性存证：建立 REPOSITORY-IDENTITY.md，记录官方不可变 ID（1358731364）与历史过渡 Commit。
  • 路线图解冻审计裁定：完成痛点矩阵与杠杆重估（docs/post-pr6-roadmap-reevaluation.md），基于三项已就绪资产（ResearchObject、AcademicEvidenceReceipt、LineageReceipt），正式核准 PR #9 为 Claim-Evidence Graph v1。

2026-09-17（work/cross-review-five-v2-20260917）

本次更新包含对五人交叉评审 v2（Sparse Deliberation）的完整重构，以及全仓 41 项重审缺陷治理与科学计算执行层（scfabric）的引入。

1. 接口与返回值变更 (Migration Guide)

模块 / 脚本原行为 (旧接口)现行规范 (新接口)迁移与兼容性说明
cross-review-five/orchestrate_v2.py轮转互审两阶段模式；粗粒度按 target 聚类；单断言反驳清除整项v2 四阶段流：盲审生成 -> 断言级聚类合并 -> 定向匿名质询 -> 对账与未决保护账本旧命令兼容执行，stage_synthesize_v2 产出 unresolved-ledger.json 与结构化收敛状态
retraction-watch/watch.pycheck_doi 仅读首批 100 条 Crossref 记录；404 时将旧值直接覆盖回当前状态引入 truncated 状态指示；快照如实记录 current_observation 与 verification_status='retained_prior'状态快照向后兼容，下游解析器可直接读取 current_observation 判断本轮是否真实触网
retraction-watch/watch.pyupdate-to 信号绑定 target DOI（出现重复压缩）信号身份优先绑定通知记录自身 DOI（update-doi=<notice_doi>）历史状态中旧格式字符串平滑保留，新检测事件使用独立更正身份
literature-watch/watch.pyOpenAlex 查无 ID 时将原论文作为引用者输出fetch_citing_works 产出 source='crossref-fallback'，collect() 过滤该种子记录杜绝被监控论文自身被报告为自己的新引用者
literature-analysis/collect_corpus.py仅使用线性字典别名映射；丢弃作者与摘要采用并查集（DSU）两遍归并；保留 authors, abstract, referenced_works 等元数据彻底消除输入顺序依赖；下游引文图与评审矩阵直接消费完整材料
literature-analysis/interop.pyBibTeX 互转单向转义，往复导致 \\& 等符号膨胀；剥光机构作者花括号增加对称的 tex_unescape；仅剥除单层字段定界符，保护单一机构作者不被拆分to_bibtex(from_bibtex(text)) 达到幂等性
quantitative-paper-audit/recompute.pypercent=0 且 count>0、未给分母时直接判不可能；float 丢尾随零根据报告精度容差判定最小合理分母，记为欠定；支持直接传入原始字符串保留有效小数位数浮点数与字符串输入同时兼容
scfabric (科学计算执行层)（新增模块）提供硬件探针与后端目录，配备五项基准负载与严格等价门禁，产出完整的 ComputeReceipt 回执默认基于 CPU 执行，仅在实测提速超过阈值且通过数值门禁时准入加速器
literature-watch/watch.py & retraction-watch/watch.py404 错误触发三次无谓重试导致 Crossref 兜底受阻；Token 凭证校验依赖前缀匹配404 直接抛出不参与重试；凭证注入限定为 HTTPS 与官方域名权威校验；端点显式指向 /v1兼容旧版调用，消除无谓重试延迟并杜绝凭证泄露
cross-review-five/orchestrate_v2.py子进程继承父进程全量环境变量；固定 15 秒轮询；依赖兼容别名注入 --ignore-rules 参数与最小环境白名单；引入自适应轮询与规范提供方名称解析隔离无关凭证并消除评审进程空等
scfabric/backends.py & hardware_probe.pyROCm 平台误标为 CUDA；缺少 Intel XPU 执行后端区分 torch.version.hip 并标记 rocm 运行环境；补齐 torch_xpu 执行后端与类型约束准确反映各硬件运行时身份
cross-review-five/orchestrate_v2.py仅支持固定 5 种预置模型；不支持第三方子代理与动态配置支持 --models 动态内联声明与 --models-file 外部清单；支持自定义 CLI 子代理模板；自适应 $N$ 阶错排降级用户可自由指定任意数量与种类的模型及子代理

2. 发布身份清单 (Release Manifest)

  • Repository: xngg1021/academic-research-kernel (历史版本标记为 hermes-academic-skills)
  • Protocol: compute-receipt-1.0 / evidence-receipt-1.0 / lineage-receipt-1.0 / claim-evidence-graph-1.0
  • Skills & Components (12 一等技能):
    • skills/cross-review-five (2.0.0) — v2 四阶段 Sparse Deliberation 稀疏审议流重大升级
    • skills/academic-source-verification (1.2.0) — 增加全 Unicode 分词与词元集合匹配算法
    • skills/academic-writing (1.1.1) — 写作规范与引文参考
    • skills/literature-analysis (1.3.0) — 并查集两遍归并与 LaTeX 对称反转义
    • skills/math-computation (1.2.1) — 全领域计算中枢与分流
    • skills/quantitative-paper-audit (1.1.0) — 0% 欠定判定与有效数字尾随零保留
    • skills/research-reproducibility (1.0.1) — 复现审计流水线与排版修复
    • skills/systematic-review-meta-analysis (1.0.1) — trim-and-fill 固定点收敛判断修复
    • skills/literature-watch (1.1.0) — Crossref 兜底、凭证域名权威校验与并发锁租约
    • skills/retraction-watch (1.1.0) — 状态合并、并发租约锁与分页截断检测
    • skills/research-object-identity (1.1.0) — 确定性研究对象身份层与生产谱系内核（Provenance Kernel v1，落地路线图原语 2 谱系，为原语 3 奠定对象与事件底座）
    • skills/claim-evidence-graph (1.0.0) — 确定性科学论断-证据图内核（Claim-Evidence Graph v1，连接论断、事实收据与计算谱系）
    • scripts/scfabric (1.0.0) — 科学计算执行层薄层与严格数值门禁
  • Schemas & Protocols:
    • schemas/compute-receipt.schema.json
    • schemas/evidence-receipt.schema.json
    • schemas/review-panel-spec.schema.json
    • schemas/review-finding.schema.json
    • schemas/review-result.schema.json
    • schemas/review-run-receipt.schema.json
    • schemas/lineage-receipt.schema.json (Research Object Provenance Kernel v1, JSON Schema 2020-12)
    • schemas/claim-evidence-graph.schema.json (Claim-Evidence Graph v1, JSON Schema 2020-12)
    • plugin.json (Agent Plugins v1 portable manifest)
    • mcp.json / scripts/mcp_server.py (Portable MCP tools surface)
  • Verification Matrix:
    • Unit & Regression Tests: 526 passed, 0 failures, 0 warnings (PR #10)
    • Static QA Fences: 39 independent executable blocks passed
    • Provenance & Lineage: 毫秒级因果拓扑逆向溯源、完整三阶段物理科研流水线、内容与回执指纹双重独立存证、防篡改哈希核验、因果 DAG 迭代无环检测与 JSON Schema 2020-12 严格匹配全量通过
    • Security & Contracts: Command adapter isolated env, strict participant slug validation, path containment guard, and JSON schema parity check passed
    • Scientific Integrity: MCP statistical recompute fixed, non-forgery Cohen's d enforced, literature-watch unobservable cites correctly surfaced
    • Agent Plugins v1 Loader: Live verified against 12 portable skills, MCP tools, and manifest with 0 diagnostics
    • CI Matrix Platforms: Linux x86_64 (Python 3.10-3.14), Linux ARM64 (Python 3.12), Ubuntu 26.04 preview canary (x86_64 & arm64, Python 3.12), macOS ARM64 & Intel (macos-15-intel, Python 3.12), Windows x86_64 & Windows ARM64 (Python 3.12)